Современная структура Общества отражает его историю и дальнейшее развитие. Исторически СПбОЕ складывалось из 3 отделений: "Ботаника", "Зоология и Физиология", "Геология и Минералогия". Впоследствии в его рамках сформировалась разветвленная система секций, отражающая растущую специализацию естествознания и появление новых междисциплинарных областей деятельности (в настоящий момент число секций и образований, действующих на правах секций, достигло 21). В течение последних 20 лет в составе общества возник научно-производственный центр Эко-Сервис.