Одним из важных и традиционных направлений деятельности СПбОЕ является проведение конкурсов научных работ. Начало этой традиции восходит к 1890 г., когда была учреждена премия имени Кесслера. Среди лауреатов этой премии был Н. К. Кольцов, впоследствии академик, имя которого носит теперь Институт биологии развития РАН. Премию Кесслера получил акад. Л. С. Берг за свою знаменитую книгу «Фауна России, рыбы». В 1901 г. была учреждена золотая медаль имени Великого князя Александра Михайловича, который в течение нескольких лет, начиная с 1892 года, был Почетным председателем Общества. Первым обладателем этой медали стал В. П. Амалицкий за исследование ископаемых позвоночных из пермских отложений Северной России. Этой же медали был удостоен В. И. Палладин за исследование дыхания у растений. В 1993 г. Общество в связи с празднованием своего 125-летия восстановило денежные премии за исследования в области биологии и геологии, выпол-ненные членами Общества. Было решено, что один раз в три года премия присуждается за учебники и учебные пособия. Среди лауреатов премии СПбОЕ Н. И. Стрельникова, награжденная за капитальный труд "Палеогеновые диатомовые водоросли"; Э. И. Колчинский ("Эволюция биосферы. Историко-критические очерки исследований в СССР"); Н.И. Краснова и Т.Г. Петров ("Генезис минеральных индивидов и агрегатов"); О. М. Иванова-Казас ("Эволюционная эмбриология", "Очерки по филогении низших хордовых"). За учебник "Биология клетки. Общая цитология" был награжден авторский коллектив А. А. Заварзин, А. Д. Харазова, М. Н. Молитвин. За учебник "Биофизика мембран" премия Общества была присуждена З. И. Крутецкой и А. В. Лонскому. Премии общества получили также С.С. Медведев за учебник "Физиология растений" и А. Д. Ноздрачев за учебник "Начала физиологии".