Труды Санкт-Петербургского общества естествоиспытателей начали издаваться в 1870 г. Первоначально в трудах публиковались протоколы общих собраний отделений, годовые отчеты секретаря и казначея Общества, а также результаты научных исследований членов Общества. Первоначально каждый том Трудов состоял из двух выпусков, в которых публиковались исследования, представленные всеми тремя отделениями. Позднее число выпусков каждого тома увеличилось. Система, при которой каждый том состоял из нескольких выпусков, оправдывала себя до тех пор, пока ежегодно выходили выпуски по всем направлениям, представленным отделениями. Однако, с началом первой мировой войны, после революционных потрясений, когда стабильность развития науки была нарушена, равномерность поступления материалов по разным направлениям прекратилась, в результате чего разные выпуски одного и того же тома издавались в разные годы, что запутывало ведение каталога. С 1998 года Труды выходят в шести автономных сериях, каждая из которых имеет свою собственную нумерацию томов. Cерия 1 – общие вопросы, серии 2, 3, 4, 5, и 6 – соответственно геологическая, ботаническая, зоологическая, физиологическая и природоохранная. В редакционной коллегии, которая назначается Ученым советом общества, представлены кураторы всех названных направлений. Редакционная коллегия отдает предпочтение публикации монографических изданий или тематических сборников.

Неоценимую помощь в издании Трудов до последнего времени оказывает Санкт-Петербургский университет, благодаря чему тома Трудов выходят в свет ежегодно. Возможности издательской деятельности расширяются при получении соответствующих грантов Правительства Санкт-Петербурга, или же при получении средств от благотворителей – организаций и частных лиц.