Одним из важных и традиционных направлений деятельности СПбОЕ является проведение конкурсов научных работ. Начало этой традиции восходит к 1890 г., когда была учреждена премия имени Кесслера. Среди лауреатов этой премии был Н. К. Кольцов, впоследствии академик, имя которого носит теперь Институт биологии развития РАН. Премию Кесслера получил акад. Л. С. Берг за свою знаменитую книгу «Фауна России, рыбы». В 1901 г. была учреждена золотая медаль имени Великого князя Александра Михайловича, который в течение нескольких лет, начиная с 1892 года, был Почетным председателем Общества.

Труды Санкт-Петербургского общества естествоиспытателей начали издаваться в 1870 г. Первоначально в трудах публиковались протоколы общих собраний отделений, годовые отчеты секретаря и казначея Общества, а также результаты научных исследований членов Общества. Первоначально каждый том Трудов состоял из двух выпусков, в которых публиковались исследования, представленные всеми тремя отделениями. Позднее число выпусков каждого тома увеличилось.