Одним из важных и традиционных направлений деятельности СПбОЕ является проведение конкурсов научных работ. Начало этой традиции восходит к 1890 г., когда была учреждена премия имени Кесслера. Среди лауреатов этой премии был Н. К. Кольцов, впоследствии академик, имя которого носит теперь Институт биологии развития РАН. Премию Кесслера получил акад. Л. С. Берг за свою знаменитую книгу «Фауна России, рыбы». В 1901 г. была учреждена золотая медаль имени Великого князя Александра Михайловича, который в течение нескольких лет, начиная с 1892 года, был Почетным председателем Общества.