Труды Санкт-Петербургского общества естествоиспытателей начали издаваться в 1870 г. Первоначально в трудах публиковались протоколы общих собраний отделений, годовые отчеты секретаря и казначея Общества, а также результаты научных исследований членов Общества. Первоначально каждый том Трудов состоял из двух выпусков, в которых публиковались исследования, представленные всеми тремя отделениями. Позднее число выпусков каждого тома увеличилось.