Труды Санкт-Петербургского общества естествоиспытателей начали издаваться в 1870 г. Первоначально в трудах публиковались протоколы общих собраний отделений, годовые отчеты секретаря и казначея Общества, а также результаты научных исследований членов Общества.
Каждый том Трудов состоял из двух выпусков, в которых публиковались исследования, представленные тремя существующими отделениями. Позднее число выпусков каждого тома увеличилось. Система, при которой каждый том состоял из нескольких выпусков, оправдывала себя до тех пор, пока ежегодно выходили выпуски по всем направлениям, представленным отделениями. Однако, с началом первой мировой войны, после революционных потрясений, когда стабильность развития науки была нарушена, равномерность поступления материалов по разным направлениям прекратилась, в результате чего разные выпуски одного и того же тома издавались в разные годы, что запутывало ведение каталога.
С 1998 года Труды выходили в шести автономных сериях, каждая из которых имеет свою собственную нумерацию томов. Cерия 1 – общие вопросы, серии 2, 3, 4, 5, и 6 – соответственно геологическая, ботаническая, зоологическая, физиологическая и природоохранная.
В последние годы в Трудах Общества преимущественно публиковались монографии и тематические сборники.