Императорское Санкт-Петербургское Общество Естествоиспытателей, было основано при Императорском Санкт-Петербургском университете в 1868 году. В 1907 году Общество приняло «Правила о премиях при Императорском Санкт-Петербургском обществе естествоиспытателей», в число которых вошла международная премия имени Александра Онуфриевича Ковалевского, выдающегося российского эмбриолога, одного из основателей эволюционной сравнительной эмбриологии, выпускника, а затем и профессора Императорского Санкт-Петербургского университета.
Премия состояла из медали и денежной суммы в размере 250 золотых рублей. Медаль в виде плакеты была изготовлена художником П.Г. Стадницким. На лицевой стороне медали размещался портрет А.О. Ковалевского, а на оборотной - морское дно с различными беспозвоночными животными, объектами исследований Александра Онуфриевича. Медаль предназначалась для награждения исследователей за труды в области сравнительной анатомии и эмбриологии животных «через каждые 3 года, начиная с 1910 года». Подготовительный период, связанный с изготовлением медали и созданием премиального фонда, несколько затянулся, и награду не успели присудить. Разразившаяся в 1914 году первая мировая война, а затем февральская и октябрьская революции, многолетняя гражданская война, разруха - все эти потрясения, которые пришлось пережить России, были причиной того, что решение СПбОЕ о международной награде сначала утратило свою актуальность, а впоследствии было надолго забыто.
О медали имени А.О. Ковалевского вспомнили лишь в 2000 году. Сначала ее обнаружили в нумизматической коллекции Государственного Эрмитажа. Выяснилось, что медаль была изготовлена на Санкт-Петербургском Монетном Дворе. Оказалось также, что в музее Монетного Двора сохранились формы, необходимые для отливки плакеты. К сожалению, верхний край формы с автографом А.О. Ковалевского, был поврежден и его пришлось удалить. Тем не менее, медаль стараниями сотрудников Монетного двора была возрождена. В марте 2001 г. Ученый Совет СПбОЕ в ознаменование столетия со дня кончины А.О. Ковалевского восстановил международную награду Общества. По положению о медали с 2001 года она ежегодно присуждается исследователям, внесшим выдающийся вклад в современные представления об эволюционных отношениях между основными группами животного царства, в развитие современных подходов в сравнительной зоологии и эмбриологии, а также эволюционной биологии развития.
