В год возрождения медали имени А.О. Ковалевского награда была присуждена одновременно нескольким выдающимся биологам XX столетия, трудs которых, по общему мнению, значительно обогатили эволюционную сравнительную морфологию и эмбриологию. Процедура награждения предусматривала широкую международную номинацию, для проведения которой был избран Международный комитет, в составе известных ученых США, Германии, Испании, Дании, Канады и России.
Медаль 2001 года была присуждена: Дональду Томасу Андерсону (Австралия), всемирно признанному авторитету в области сравнительной анатомии и эмбриологии; Клаусу Зандеру (Германия), почетному профессору Фрайбургского университета, известному своими блестящими работами в области описательной и экспериментальной эмбриологии насекомых; Ольге Михайловне Ивановой-Казас, профессору нашего университета (ныне на пенсии), выдающемуся представителю петербургской эмбриологической школы, автору широко известных монографий и учебников по сравнительной и эволюционной эмбриологии; Клаусу Нильсену (Дания), внесшему неоценимый вклад в развитие сравнительной морфологии и филогении многоклеточных животных; Руперту Ридлю (Австрия), почетному профессору Венского университета, известному не только своими исследованиями в области морской зоологии, но и крупным вкладом в разработку теоретических принципов сравнительной морфологии; Рудольфу Рэффу (США), автору нескольких книг в области эмбриологии и эволюции, плодотворно сочетающему подходы современной молекулярной биологии со сравнительной анатомией и филогенией; Гэри Фримену (США), признанному лидеру в области исследований эмбриологических основ эволюции животных; Брайану Холлу (Канада), внесшему выдающийся вклад в современный синтез эмбриологии и эволюции.
Начиная с 2002 года ежегодно присуждается одна медаль. Нельзя не отметить, что возрождение международной награды Санкт-Петербургского общества естествоиспытателей - медали имени А.О. Ковалевского было тепло воспринято научным сообществом. В январе 2003 года в Торонто в рамках ежегодного конгресса Общества интегральной и сравнительной биологии с большим успехом прошел симпозиум лауреатов медали А. О. Ковалевского (Alexander Kowalevsky Medal winner Symposium).
Медаль присуждалась каждый год (за исключением 2022 г.), и международное научное сообщество продолжало активно поддерживать Общество. В 2024 г. Медаль была присуждена профессору Алессандро Минелли из Университета Падуи, за его вклад в концептуальные основы биологии развития.